El nombre de Maltés no significa que la raza sea originaria de la isla de Malta, ya que el adjetivo «Maltes» viene de la palabra semítica «MALAT» que significa refugio o puerto. Esta raíz semítica se encuentra en toda una serie de nombres de lugares marítimos, como por ejemplo en el nombre de la isla adriática de Méléda, en el de la ciudad siciliana de Melita y justamente también en el de la isla de Malta. Los ancestros de este pequeño perro vivían en los puertos de las ciudades marítimas del Mediterráneo Central, en donde combatían a las ratas y ratones que pululaban en las tiendas portuarias y en las bodegas de los barcos. En una lista de perros existentes en la época de Aristóteles (384-322 aC) se menciona una raza de pequeños perros a los que se les atribuye el nombre latino «canes melitenses».

Este perro era conocido en la antigua Roma como compañero preferido de las matronas, fue elogiado por Estrabón, poeta latino del siglo primero. El Bichón Maltés aparece en representaciones de numerosos pintores del Renacimiento en donde se le ve en los salones de la época acompañando a las bellas damas de ese tiempo.